Fundamed tiene establecidas dos grandes líneas de actuación que tratan de contribuir a la mejora de la asistencia sanitaria. Por un lado, se encuentra la investigación biomédica. Por otro, las asociaciones de pacientes. Para llevar a cabo sus actividades, Fundamed colabora con entidades y compañías de forma puntual, o bien de manera general, a través de los llamados ‘socios protectores’: organizaciones o compañías privadas que aportan una cuota anual para el mantenimiento de los fines fundacionales.